神之初结局是什么？
故事继续推进，当大和终于击落了盖古拉斯的飞行堡垒，消灭了它的主体和分身之后，大和号重新返航地球。可是在返航途中，大和号突然遭遇了宇宙海盗的袭击——海盗队长就是小野次郎丸，而他的搭档居然是拉姆·达。大和号在经过一番苦战之后成功击退海盗，但是不久之后海盗卷土重来并对大和号展开自杀性攻击，就在大和号船员以为再也无力回天时，从地球方向驶来了救援舰队，将大和号和海盗一齐击垮。大和侥幸脱险，但飞船受损极其严重，船员和波波也被送进医院治疗和修复。随后众人又得知另一个惊天噩耗：为彻底斩草除根，地球政府直接派出地球防卫军总旗舰——大和二号对已经失去威胁的盖古拉斯残余势力进行了灭绝性清洗，包括在盖古拉斯发现的唯一幸存者少女鲁希卡也在清洗中丧生。
这一切对于小南无疑是个无法承受的打击——一方面鲁希卡惨死让她痛苦，另一方面对人类的行为感到绝望——于是在养好伤势以后，她向宗吾提出离队的请求。在与鲁希卡相识的波波的帮助下，小南成功地乘坐微型宇宙船逃离地球。临走前她给宗吾留下一封信，信中表示自己相信鲁希卡并没有死，她要去寻找鲁希卡并会再回来。虽然宗吾非常痛苦而百般的挽留，但小南一意孤行，最终还是离开了大和号（在神之初的漫画版中，小南是被大和二号发射的武器之一“暗之光”击中后神秘消失的，之后又在大和一号的船员和波波、阿普拉等人的帮助下，经过诸多磨难终于击退了大和二号，救出了被大和二号抓住的鲁希卡，还与小南失散后就一直被海盗扣押的次郎丸也终于重逢，之后小南和鲁希卡一同在银河中寻找一个没有战争只有和平的乐园）。
在本作的结尾，大和号继续起航，但是船上的波波却一直在默默的寻找小南......
PS:在TV版中，最后两集为原创故事，即宗吾和小南驾驶登陆艇离开大和号，寻找小南所说的鲁希卡最后存活的星球：塞拉米斯之星。经过种种磨难以后，两人终于抵达了目的地。但是，眼前却是一片废墟......失望的两人正准备离开，在这个时候，一个陌生的女孩出现在他们面前，这个女孩就是鲁希卡......最后三人在夕阳的映照下携手离开。而与此同时，大和号上波波正在用它那红色的头发寻找着宗吾和小南的行踪......